> なぜ、NextFTPのデータフォルダで自動更新なのか分かりませんが、ホームページは別の
> 専用フォルダで作成されることを強くおすすめします。

当然専用フォルダーを作っていました、そのフォルダーにできてしまったのです。

> います。このデータフォルダの位置は、オプションメニュー→システム→データフォルダ
> の変更から、確認・変更できます。
 変更してみます