> 最新版のＮｅｘｔＦＴＰをインストールするとＩＥを使用中に
> 新規ウィンドが開かれると最小化した状態で開かれてしまうのですが、
> 関係がありますでしょうか？
> 他にソフトをインストールしたり設定を変えた覚えがないのですが・・・

本ソフトは、インターネットエクスプローラの設定を一切操作することはありません
ので、他のことが原因です。他の原因をお探しください。