> こんにちわ。お世話になります。
> FTPの左側にでてきたHomepageのフォルダ名が、
> Homepageのショートカットというようになっていたので、
> その場でHomepageに変えてしまったら、
> 接続しても「指定されたフォルダMyDocuments￥Homepageは存在しません」
> このファイルに関連付けられているエクスプローラーを使って
> アプリケーションに関連付けて下さい」と出ます。
> どのように作業を行ってよいのかわかりません。
> どうぞアドバイスをお願いいたします。

ローカル開始フォルダの設定が間違っています。ここにショートカットは指定できませんので、
ホストの設定を開き、ローカル開始フォルダを「...」ボタンを使って、ホームページを作成し
ている元のフォルダを再設定してください。