> アップロードの際、
> 上書きの確認後、ＯＫにすると、
> 「キャッシュされているファイルリストを使用します。」
> と言うメッセージが表示されます。
> このとき、転送はすぐ終わるので多分されていないと思います。
> タイムスタンプも以前のままで、ブラウザで再表示しても変わりません。
> 
> どうすればよいのでしょうか？
> ファイルを一度削除してからアップロードすると更新されます。
> 
> バージョンは１．７９です。

まず、NextFTPの最新版を使用してみてください。

オプションのホームページ転送の設定で、高速転送のクリアボタンを１回押してから
再度転送を行ってみてください。