NextFTPを使用しておりますが、
フィルタをコマンドラインオプションで指定できるように
していただけないでしょうか？

具体的には、
NextFTPを２つ立ち上げ、それぞれ、
/home/httpd/cgi-bin/...
/home/httpd/html/...
を開いております。
cgi-binの方は、"*.cgi;*.pl"、htmlの方は"*.html"とフィルタを
掛けたいのです。

ご検討願います。