> 以前から不思議だったのですが、
> たとえばftp://x.x.x.x/pub/.%20%20%/.%20%20/
> などとなっていると、IE5で直接指定するとちゃんと最後のディレクトリ以下まで見えますが
> NextFTPでは/pubまでしか見えません。それ以降のディレクトリ自体が間違いなくあるのに
> これはいったいどういうことなんでしょうか？

スペースで始まる、若しくは終わるディレクトリ名には対応していません。ご了承ください。

> 他のいくつかのFTPクライアントソフトでは、相手のポート21番が空いているにもかかわらず
> 最初からつながらないという（私の設定が悪いのかな）困った現象もなく
> 確実につながるので非常に重宝致しております。
> 但しあまり大きなファイルだとダウンロード中によく固まります。
> 接続はそのままなんです。これも何とかならないものでしょうか？

ネットワークや回線、サーバーの状態、設定等を再確認してみてください。