> 転送モードを自動判別にてアップロード、ダウンロードした場合にｃｇｉ等のファイルが
> 文字化けしたり、画像ファイルが破損したりするのですが、転送モードをテキスト又は
> バイナリーにして転送した場合には問題ありません。
> 転送モードの自動判別は使わないほうがよいのでしょうか？

オプションの基本設定で、自動判別の設定が誤って設定されていないか確認してください。
「標準」ボタンを押せば、デフォルトの状態に戻ります。