> > 起動後、接続すると、エラー音のようなものとともに、
> > 「ホストの開始フォルダーが開けません。　新しく作成しますか？」と表示されます。
> > この時点で、すでに画面右側のビューにファイルのアイコンが並んでいます。
> > そのまま、「いいえ」をクリックすると何事もなく作業ができますが、
> > この表示を回避する方法を教えてください。
> 
> ホストの設定の、ホスト開始フォルダの設定を確認してください。
> NextFTPは接続直後、ここで指定されたフォルダを開こうとします。

<ホストの設定>で、「接続時の開始フォルダーを保存」にチェックを入れたら、解決しました！