> 起動後、接続すると、エラー音のようなものとともに、
> 「ホストの開始フォルダーが開けません。　新しく作成しますか？」と表示されます。
> この時点で、すでに画面右側のビューにファイルのアイコンが並んでいます。
> そのまま、「いいえ」をクリックすると何事もなく作業ができますが、
> この表示を回避する方法を教えてください。

ホストの設定の、ホスト開始フォルダの設定を確認してください。
NextFTPは接続直後、ここで指定されたフォルダを開こうとします。

• RE^2:ホストの開始フォルダーが開けません