> さっきダウンロードしてバージョンをあげたのですが
> 急にいくらファイルをサーバーに送っても「０バイト」となってしまい
> 認識しないようです。自動モードにしているので、変更してバイナリとアスキー
> 両モードで送信してみましたが表示はちゃんと一瞬なるのですが他のファイルを
> 送信してフォルダ内を読み直すとやはり０バイトです。
> どうしたらいいのでしょうか？

アップロード先のディスク容量がいっぱいでないか、空き容量を確認してください。