> こんな機能があったらうれしいな！大変だと思いますが、機会があったら是非お願いします。
> 
> 更新すべきファイル表示機能。
>  (1)ローカルにしか存在しないファイル
>  (2)ローカルの方が新しいファイル
>  (3)サーバにしか存在しないファイル
>  (4)サーバの方が新しいファイル
> をアイコンやの文字の色などで区別できると、どのファイルを転送すべきかの目印になって嬉しい。 

フォルダ→選択メニューから、新規・更新ファイルの選択コマンドで、
タイムスタンプが新しいファイルや、こちら側にしか存在しないファイルを選択できます。

> ディレクトリシンクロ機能。
>  ディレクトリ（サーバもしくは、ローカル）を移動した場合、相手側のディレクトリもそれに応じて移動するモードが欲しい。 

オプション→フォルダ同時変更オプションで対応しています。お試しください。

お使いのバージョンにこれらのメニューがない場合は、最新版を使用してください。