> サーバー側が込んでいて転送に失敗したりした場合ファイルだけは作られて
> サイズは０バイトとなる場合が有るのですが、次に更新ファイルのみ
> アップロードする場合ファイル日付がローカル上より新しくなっているため
> 転送しません。このサイズ０バイトのファイルはサーバー上から自動削除して
> 再度アップロードするというわけにはいかないでしょうか。

最新版では、ホームページの転送に失敗したときは、次回にそのファイルをもう一度
転送するようになりました。

一度、最新版をお試しください。