サーバー側が込んでいて転送に失敗したりした場合ファイルだけは作られて サイズは０バイトとなる場合が有るのですが、次に更新ファイルのみ アップロードする場合ファイル日付がローカル上より新しくなっているため 転送しません。このサイズ０バイトのファイルはサーバー上から自動削除して 再度アップロードするというわけにはいかないでしょうか。