ホストに接続ダイアログからホームページ転送前チェックを行ってみてください。
そのファイルが、ホームページ転送オプションで転送しないファイルに設定されていないか、転送しないフォルダに設定されたフォルダに入っていないか確認してみてください。
そのファイルが、トップページのあるフォルダまたはその下層フォルダの中にあるか確認してください。
サブフォルダにある更新したファイルが転送されない場合は、オプションのホームページ転送の変更のあったフォルダだけを高速に転送するの「リセット」ボタンを1度だけ押して、再度ホームページ転送を行ってみてください。