Q.サブフォルダ内にあるシンボリックリンクのフォルダがダウンロードされない

シンボリックリンクの設定によっては、無限ループに陥る可能性があるために、このような仕様となっています。

ホストの設定の高度な設定で、ファイルリスト取得コマンドを「NLST -laL」にすれば、シンボリックリンクのフォルダもダウンロードできるようになります。