アップロード先フォルダを間違っていないか、そのフォルダにアップロードする権限があるか、ファイルは確かにアップロードされたか確認してください。

日本語のファイル名に対応していないホストに半角英数記号以外の日本語のファイル名のファイルを置くと、ファイル名が一部しか表示されないことがあります。この場合は、日本語のファイル名を半角英数記号に変更するか、日本語ファイル名のファイルを削除すれば、順次見えなかったファイルが表示されます。