ホストとの時差を正しく設定し、上書き確認ダイアログで「新しいとき」を選ぶことで、タイムスタンプを比較して更新されたファイルだけを転送できます。
また、フォルダメニューの選択コマンドで、新しく作成されたファイルや更新されたファイルを選択することができます。