アップロード・ダウンロード時に漢字コードが変換されるのは、テキストモードで転送する場合のみです。転送モードを確認してください。

入力ファイルの漢字コードは自動的に判定しますが、半角カタカナやアルファベットが最初の方に多く続くファイルは正しく判定できない場合があります。オプションの拡張設定の「転送元漢字コードを優先し、元コードの自動判定をしない」オプションで、強制的に漢字コード変換を行わせるようにすることができます。

また、バイナリファイルの漢字コード変換は、変換時にバイナリ部分が変わってしまうことと、元の漢字コードの判定ができないことがあるためにサポートしていません。