一般に、半角英数記号以外の日本語のファイル名は使用できません。日本語のファイル名に対応していないホストに半角英数記号以外の日本語のファイル名のファイルを置くと、ファイル名が一部しか表示されないことがあります。この場合は、日本語のファイル名を半角英数記号に変更するか、日本語ファイル名のファイルを削除すれば、順次見えなかったファイルが表示されます。
ピリオドで始まる隠しファイルを表示したい場合は、ホストの設定の高度な設定で、ファイルリスト取得コマンドを「NLST -la」にしてみてください。表示できる場合があります。これで表示できない場合は、ホストの管理者にお問い合わせください。
ホストの問題かNextFTPの問題か分からない場合は、詳細ファイルリスト(Ctrl+L)を表示して、そのファイルが表示されるか確認してください。詳細ファイルリストに表示されないファイルを表示することはできません。
フィルタを設定していないか確認してください。