> お世話になります。NextFTP 3.76 バグ報告させていただきます。
> 
> 【バグ内容】
> 複数のフォルダを、「エクスプローラ等よりのＤ＆Ｄにてアップロード」しようと
> したら、２つめのフォルダをアップロードする際に必ず新規作成の動作をする為、
> サーバ上にフォルダが既に存在する場合はエラーとなる。

現象を確認しました。次のバージョンで対応しますのでしばらくお待ちください。