m-simaです。
早速のご対応、ありがとうございます。

> 次のVer3.60でUTF-8のファイルリスト漢字コードに対応しますので、これで正常に
> 動作するようになるかと思います。３月２０日に公開予定です。
> 
> 対応したベータ版を下記に置きました。右クリックから対象をファイルに保存で、
> NextFTPをインストールしてあるフォルダに上書きで保存してください。

先ほど正式版の3.60をダウンロードして試してみたところ、
UTF-8にファイル名コードを設定したら成功しました。

これでＰＣ側から直接ＦＴＰでMac側のファイルを送受できるので
かなり楽になります。助かりました。ありがとうございます。