> .htpasswdや.htaccessファイルを転送したのですがNextFTPではサーバー上の
> .htpasswdや.htaccessファイルが表示されず削除等ができずに困っています。
> どうすればファイルを表示できますか？

ホスト側の隠しファイルは、詳細ファイルリストに表示されていない限り表示できません。

ピリオドで始まる隠しファイルを表示したい場合は、ホストの設定の高度な設定で、
ファイルリスト取得コマンドを「NLST -la」にしてみてください。表示できる場合が
あります。これで表示できない場合は、ホストの管理者にお問い合わせください。