> ファイルリストからは削除されますがページが表示されます。
> プラウザの更新、ファイルリストの更新しても同じ状態です。
> niftyに問い合わせたところサーバーの更新に時間がかかることもある
> とのことだったので一週間待ちましたが同じです。

再度そのホストのファイルを削除してみて、NextFTPの下部のログで、正常に削除
されていることを確認してください。

削除すれば、ホスト側のファイルリストから消えるはずですし、表示されなくなる
はずですが、削除されない場合は、ホスト側に問題が生じています。

ホスト側のファイルリストから消えているのにページが表示される場合は、ブラウザ
のキャッシュの問題かと思います。