> 旧バージョンのフォルダに上書きするとホストデータが
> 消えてしまいます。
> 
> 別のディスクにバックアップを取ってあるので、そのフォルダをコピーして
> インストーラーで上書きしています。
> やり方が悪いですか？

旧バージョンと同じフォルダにインストールすれば、登録情報や設定はすべて引き継がれます。
インストール先を確認してください。

> インストーラでフォルダを指定すると指定したフォルダの下に
> もう一階層ＮＥＸＴＦＴＰフォルダができますので、指定したフォルダに
> インストールできるようにした方が良いと思います。

参照ボタンを押してインストール先を選択した場合は、自動的に「NextFTP」フォルダを作成
するような仕様となっています。これは、通常は新規インストールの時のみしかインストール
先の選択の必要はないからで、他のソフトとの混同を防ぐ為、専用のフォルダを作成するよう
になっています。

バージョンアップ時は、自動的に旧バージョンがインストールされているフォルダを表示しま
すので、ここを変更しないでください。不用意に変更すると、正常にバージョンアップできな
いことがあります。