> 簡易接続時や、ホスト登録時におけるディレクトリ（ホスト開始フォルダ）に入力できる
> 文字数の制限を拡張できないでしょうか？
> 
> セキュリティのため自社ＦＴＰのディレクトリ階層を深く長くしている関係で不都合があるのです。
> ちなみに途中のフォルダは全部不可視にしているので途中からたどると言う事も出来ません。

文字数制限の拡張は出来ませんが、ホストの設定の高度な設定の接続時初期コマンドに
「CWD /aaa/bbb/ccc/ddd」、ホスト開始フォルダに「eee/fff/ggg/hhh」のように設定する
ことで、深い階層への移動ができますのでお試しください。