> マシンの調子が悪くリカバリーし、NextFTPを再インストールしたのですが、
> ファイルを複数枚アップロードしていると、一枚目はスムーズにアップされますが、
> 二枚目以降はアップ出来なくなります。
> PASVモードにチェックが入っていてもファイルリストの取得が出来なくなります。
> 
> これらの解決法を教えてもらえませんでしょうか？

パソコンのネットワークの設定や、ルータなどの設定か、ホスト側に問題があるものと思われ
ます。このあたりをよく確認してみてください。

解決できない場合は、詳しい状況が分からず、現象を再現・確認・把握する事ができないので、
原因が分かりません。

詳細な操作方法や、エラーが表示されるところまで操作したログをお願いできませんでしょうか。

ログは、NextFTP画面の下半分の灰色のログウィンドウ部分で、マウスの右クリック→すべて
選択、右クリック→コピーでクリップボードにコピーできます。