なんだかんだと強い権限のユーザで使い続けるとWindows2000がおかしくなっていくので
Usersという弱い権限のグループのユーザで使用したところ次のような不具合を発見しました。
すべてローカルユーザで起こったことです。ドメインを組んだ環境がないのでドメインユーザでは
どうなるのかはわかりません。

NextFTPのインストールにはAdministratorsかPower Usersのいずれかの権限が必要ですが、
インストールしたNextFTPをUsersに属するユーザで利用する際にいくつかの問題があります。
1. ホスト一覧が開けない
   HostData.DatファイルをUsersでは作成できない。
   Power Users以上の権限を持つユーザでホスト一覧を作成する。
   依然としてUsersではホスト一覧を開けない。（書き込み権限が必要？）
   cacls HostData.Dat /G Users:RW で読み書き権限をUsersグループに与える
   これで開けるようになる。
   そもそもホスト一覧がシステムワイドなのはよくないでしょう。これはユーザ毎のものと
   システムワイドなものに分けてシステムワイドなものの編集はAdministratorsグループの
   ユーザのみができるようにするべき。

2. 接続後にハングアップする
   キャッシュおよびログフォルダへの読み書き作成権限がないためらしく、pwdコマンドを
   発行するタイミング（発酵後なのか発行前なのかは未調査）でNextFTPがハングアップする
   cacls LOG CACHE /G Users:F /T で読み書き作成権限をフォルダに対して与える
   これで接続後pwdコマンド以降が発行できるようになるらしく接続が可能になる

3. ユーザ毎にユーザー登録が求められる
   この部分は作者様のポリシーに当たる部分だと思います。
   ただ、システムワイドにインストールされるにも関わらずユーザ毎に求められるのは
   少々面倒くさいです。