> オプションの設定画面の中の拡張設定(1)で「ダウンロードしたファイルのタイムスタンプを維持する」にチェックを入れて[OK]をクリックしても一度NextFTPを終了してしまうとまたチェックが外れてしまっています。
> 今は仕方なく、起動する度に設定を変更しているのですが、何か方法はないでしょうか？

ホストに接続していないときに設定を行うと、次回の起動時にも設定が再現されるようになり
ます。ホストの設定で設定できる設定項目は、ホストから切断すると接続前の状態に戻ります。
恒久的に設定を行いたい場合は、ホストに接続していないときに設定を行ってください。
ホストごとに設定を変える場合は、ホストの設定で設定を行ってください。