> マイドキュメントからアップロードしているのですが
> この中に入っているファイルすべてを
> アップしてしまいます。
> 
> 必要なファイル（リンクをはっているファイル）だけを
> アップするにはどうしたらよいのでしょうか？

ホームページは専用のフォルダを作成して、その中へ作成するようにしてください。

マイドキュメントの中にホームページ作成用のフォルダを作成し、ホームページ用のファイルや
フォルダをすべてその中に移動し、NextFTPのホストの設定でローカル開始フォルダをホームペ
ージ作成用フォルダに再設定するようにしてください。