> 今回、メイン以外のPCから特定のフォルダにのみアップロードを行う必要が出てきたのですが、プロバイダ側ではそのような設定はできないとのことでした。
> NextFTPの設定で、サーバー内の特定のフォルダしか表示しない、もしくはアクセスできないようにする事は可能でしょうか？

特定のフォルダのみを表示しないようにすることなどの設定はできません。
ホスト開始フォルダをアップロード用のフォルダに設定するなどして運用してくださいますようお願いします。