> NextFTP を常駐するかどうかの設定は，
> [オプション]→[オプション]→[その他の設定]でできますが，
> ここの設定で，常駐しないようにしても
> [スタートー]→[プログラム]→[スタートアップ]には
> ショートカットが残っています。
> タスクトレイなどを見てもアイコンが出てこないので，
> 常駐はしていないようですが，...

常駐をしない設定にしても、スタートアップに残るのは仕様ですのでご了承ください。
常駐しない設定の場合は、起動後設定を確認して、そのまま何もせずに終了するようになっています。
どうしても気になる場合は、手動でスタートアップから削除をお願いします。