おざわです。
お返事ありがとうございます。

> 
> この転送しないファイルの設定は、ホームページ転送コマンドを使ってアップロードするときの
> み有効であり、普通にアップロードする場合には適用されません。アップロードの方法を再確認
> してください。
> 
> ホームページ転送コマンドでも転送されてしまう場合は、設定に加えて、アップロードされてし
> まうファイル名の方も再度確認してください。

出来ました。
設定が間違っていたわけではなかったです。
メニューの「コマンド」-「ホームページ転送」のことを言ってらしたんですね？
（この機能があったのを知らなかった・・・すみません。）
すっかりマウスでドラッグしながらホームページを転送していました。

ご教授ありがとうございました。