> Ver.2000への更新を行いました。
> HP上でも確認し、MMでも『旧バージョンを削除せずにインストールすれば
> 　登録情報がすべて引き継がれますので、改めて登録や設定を行う必要はありません。』
> と表記されていたので安心して更新手続きを行ったのですが、
> 手順もその通りに実施したにも関わらず登録情報が消えてしまいました。
> 当方HPをいくつも抱えて作業を進行しているため、大変困っています。
> 今後同様の事が起こらないよう、どうしてこのような事になったのか
> 考えられる原因を教えて頂けるとありがたいのですが。

インストール先フォルダを確認してください。旧バージョンと同じフォルダにインストール
しないと、ホストの登録情報は引き継がれません。旧バージョンと同じフォルダに再度イン
ストールを行うようにしてください。