> 原因不明ですが、問題の切り分けお願いします。
> 
> 本ソフトはシステムに一切の細工を行いませんので、インストールしただけで実行しない限りは
> 一切システムに影響はありません。
> 
> 起動時に常駐NextFTPが実行されますが、これを起動しない設定にし、スタートメニューのスタ
> ートアップからアイコンを削除した状態ではどうでしょうか？
> 
> 最新ベータ版で、常駐NextFTPの終了処理を少し変更しましたので、こちらも試してみてくださ
> い。

最新ベータ版のインストール、NextFTPの削除、バージョン1.79のインストール、
NextFTPを常駐させない等を行ないましたが結果は同じでした。