> > 実験してみましたが、正常にワイルドカードの指定を行うことが出来ました。
> > 
> > ワイルドカードの設定が正しくできていないのかも知れません。設定画面で、「...」ボタンを
> > 押して確認してみてください。
> 
> ちなみに、このような設定になっています。
> http://www.ict.ne.jp/~obashiya/image02.jpg
> 
> 設定に誤りはないと確認できましたので、よくよく削除されるファイルを見ますと、
> .htaccess.bak と .htpasswd.bak のふたつのbakファイルでした。
> 他の .htaccessはワイルドカードを使用できるようです。
> bakファイルだけがそのようになるのは意味があるのでしょうか。

ワイルドカードのピリオドの後の部分は、拡張子と判断されますので、「.ht*」では、
「.htaccess.bak」はマッチしません。

設定に、「.ht*.bak」を追加するようにしてください。