> NextFTPのバージョン1.98を使用していますが、突然.nfs*****というファイル
> （*部分は消すたびに変わった）が出来て一時は完全に消せない状況になりました。
> 
> その後急に消せるようになったので削除後、ホストに再接続してみると今度は更新した
> ファイルのタイムスタンプがアップロードした時間よりも約9時間ずれていました。
> 
> この時ソフト側の設定ではホストとの時差をグリニッジ標準に設定していたので
> もしやと思い、時差無しに設定し直して再接続するとアップロードしたほぼ同時刻
> （若干の時間のずれはサーバー側の問題だと思うのですが・・・）になっていました
> なお、詳細ファイルリスト（ＣＴＲＬ＋Ｌ）を確認してみてもと同じ内容でした。
> 
> これはホスト側がグリニッジ標準に設定していないと言う事でしょうか？

ホスト側が、日本時に設定されているようです。時差を設定する必要はありませんので、
時差ゼロで使用するようにしてください。