お返事ありがとうございます。
> > 日本語のファイル名でサーバーに転送されてしまったファイルは
> > NextFTPで削除または名前の変更ができないのでしょうか？
> 
> ホスト側が対応している場合は変更や削除ができますが、ホスト側がコマンドを認識できな
> い場合は操作できなくなります。
日本語ファイル名が使えないホストのようで、
日本語ファイルをアップしてしまうと文字が化け、
削除も名前変更もできなくなってしまいます。
この点はホストの管理者に確認することにします。

> その他、ご意見は今後の参考にさせていただきます。
以下、今後のバージョンアップへの期待です
1.文字化けファイルの削除・名前変更機能
（Macには強制的(?)にこれができるFTPクライアントがあるようなので）
2.フォルダのダウンロード時に中の文字化けファイルは無視する