> NextFTPV1.97を使用しています．
> 複数のフォルダを指定してダウンロードすると，１つのフォルダしかダウンロード
> されません．
> 
> また，ダウンロードされたフォルダを見ると，下層のフォルダが
> ダウンロードされていません．

複数のフォルダでも、フォルダの中身ごといっきょにダウンロードできますが、フォルダの中
のフォルダがシンボリックリンクの場合は、無限ループを防ぐためダウンロードされない仕様
となっています。

> 過去のバージョンでこの様な現象があったようですが，私は２年前から使用させて
> いただいており，上書きバージョンアップを繰り返して来ました．
> ＃その事が何か影響を及ぼしているでしょうか．

このことは何ら関係ありません。