> ある先(*1)に接続された状態で、新しいウィンドウを作成すると、
> その新しいウィンドウも勝手に(*1)に接続してしまいます。
> これを勝手に接続しないようにしたいのですが。。

新しいウィンドウを開くは、現在の接続を維持したまま、新しいウィンドウを開きます。

シフトキーを押しながらこのコマンドを実行すると、接続中でも未接続状態のNextFTPを起動します。