> 　ここでもういちどお聞きしたいのですが、まったく同じファイル名で、
> 中身はまったく違うものを転送したいとき、つまりその中身をリニューアルした
> 時、いままでと同じ転送の仕方でいいんですか？

それで問題ありません。「同じファイル名」で「同じフォルダ」に転送すれば、新しいファイル
が古いファイルに上書きされ、古いファイルは削除されます。