> 拡張設定（１）において、
> 「全てのファイル名を小文字に変換してアップロード」の
> 設定をして、プログラムを終了するのですが、
> 次回、起動時にその設定のチェックがはずれており、
> 毎回、チェックしなくてはならない状況なのですが、
> この設定を保存し、次回に反映させるにはどうしたらよいのでしょうか？

ホストに接続していないときに設定を行うと、次回の起動時にも設定が再現されるようになり
ます。ホストの設定で設定できる設定項目は、ホストから切断すると接続前の状態に戻ります。

恒久的に設定を行いたい場合は、ホストに接続していないときに設定を行ってください。ホス
トごとに設定を変える場合は、ホストの設定で設定を行ってください。