> １）niftyに持っているホームページのページの一部を更新して「お気に入り」でそのホーム
>ページを見たら更新されていないことが時々ありますが、それはサーバー側の問題ですか。

アップロードは出来ているのに更新されない場合は、ブラウザの再読込をしてみてください。
アップロードできているかどうかは、アップロードしたホストのファイルを選択し、テキスト
ビューアでＨＴＭＬファイルを確認できます。

> ２）ファイルを更新するのは旧ファイルを削除して新ファイルをアップロードする方が良い
>のですか、それともキュファイルを削除せず、上書きアップロードする方が良いのですか。

どちらでも構いません。うまく更新できないことがある場合は、一度削除して、ブラウザでエ
ラーが表示されることを確認してからアップロードし直すと、確実にアップロードできている
か確認できるかと思います。