> アップロード／ダウンロード時の漢字コードの指定は下記の２通りありますが、
> その指定方法とどちらが優先するかを教えて下さい。
> 
> 　１　ツールバーのオプション　　　　　　＜私の設定＞
> 　　　　　　　　　ホスト漢字コード　　　　ＥＵＣ
> 　　　　　　　　　ローカル漢字コード　　　シフトＪＩＳ
> 　　　　　　　　　ファイル名漢字コード　　シフトＪＩＳ　←これはホスト側ですか？
> 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ＥＵＣでした方がよろしいでしょうか？

ホスト側です。ただ、ホストの仕様で、通常漢字のファイル名は使用できません。

> 　２　ホスト〜接続〜個人
> 　　　　　　　　　　任意名〜編集
> 　　　　　　　　　　　　　　高度な設定
> 　　　　　　　　　　　漢字コード　　　　＜私の設定＞　　　default
> 　　　　　　　　　　　　ホスト漢字　　　　ＥＵＣ　　　　　　無変換
> 　　　　　　　　　　　　ローカル漢字　　　シフトＪＩＳ　　　無変換
> 　　　　　　　　　　　　ホストファイル名　ＥＵＣ　　　　　　シフトJIS

切断時に設定してあっても、ホストに接続すると、ホストの設定の高度な設定で設定された
内容が優先されます。切断時の設定は、簡易接続で使用され、ホスト一覧から接続したとき
は意味を持ちません。

> 　上記の１、２の指定がありますが、ｗｉｎｄｏｗｓの環境下で作成したものをレンタルサー
> バーへ送信しますので、シフトＪＩＳ〜ＥＵＣの関係になると思います。この指定方法でよろしいで
> しょうか？

この設定では、アップロード時に漢字コードをＥＵＣに変換、ダウンロード時にシフトＪＩＳ
に変換します。この設定でＯＫと思います。