> Next FTPを使って、いつもホームページにファイルをアップロードして
> いるのですが、大文字があれば小文字にするようにして
> 転送するというふうに設定しているにもかかわらず、
> いつも小文字に変換されないで転送されます。

このオプションには、ホームページ転送用と、普通のアップロード用の２種類がありますので
確認してください。また、すべて大文字のファイル名だけを小文字にする設定になっていない
かも確認してください。

また、ホストの高度な設定で、チェックがＯＦＦにされていないかも確認してください。