> 先日はご回答有り難うございました。
> 特定のファイル・・・の件は解決致しました♪
> さて、以前アップロードをする際に、接続をするとサーバー側はアルファベット順とかですが、
> ローカルでは、最近更新されたファイルが自動的に上方にあがってきて、どれをアップロード
> すれば良いか一目瞭然でした。
> しかし、今は更新した最新ファイルが上の方に表示されるということがありません。
> なにか設定が必要でしょうか？

ツールバーのソート（並べ替え）ボタンなどを押せば、選択中の領域のソート順を変更できます。

> それと、アップロードする先の『上書き確認』で、以前の日時と更新日時が出るのですが、
> サーバー側の時間が更新日時と同じになりません。これも何か設定が必要なのでしょうか？

パソコンとホストで、使用しているタイムゾーンが異なっているのが原因と思われます。
オプション−ホストの時差メニューから時差を自動取得できます。