> プロバイダーによると、public_htmlの下にデータを保存するように。とのことでしたが、どうやってすればいいんでしょうか？
> 最初にHPをアップした時は、特に何もせず、同じように更新したのですが。

ホストの設定の、ホスト開始フォルダに「public_html」を設定すればＯＫです。

ホームページ転送用のホストの設定方法は、ヘルプやホームページに詳しくありますので、
そちらも参考にしてください。