> 初心者です。
> 初歩的な質問ですが、CGIの転送ができませんでした。
> homepageのフォルダに一緒に入れたのですが、これがまずかったのでは？
> homepageアカウントでは、CGIは別のURLを指定されていました。
> 別フォルダを作ればいいらしい、と気が付きましたが、合ってますか？
> また、別フォルダを作るときは、ftp画面で「新しいフォルダを作成」
> でよろしいのでしょうか？
> その場合、多分homepageと同列の位置に置くのでは？と思うのですが？

「新しいフォルダを作成」をすれば、任意の位置に、任意の名前のフォルダを作成することが
できます。具体的に、どこにどのようにすればいいかについては、プロバイダのマニュアルを
参照してください。