> ・ホームページのファイルを転送しようとすると以下のようなコメントが出ます
> ・・・・・・・・・・・・・・・
> >STOR nftptemp.txt
> 150 Opening BINARY mode data connection for nftptemp.txt.
> 452 Error writing file: Disc quota exceeded [ﾃﾞｨｽｸの割り当てを越えました].
> < ﾎｽﾄとの時差を取得できませんでした。 >
> ・・・・・・・・・・・・・
> ・ホストの転送出来るホームページの容量の空きは あと2.5MBあります
> ・転送しようとするファイルは、以前のNEXT FTPで転送していたものと同じです
> ・ホストに接続までは以前と同じように出来ます

Disc quota exceeded.と表示されるということは、ホームページの空き容量がありません。
一度、お使いのプロバイダにお問い合せください。

> ・HP転送前チェックで以下のようなテキストが表示されます
> ・・・・・・・・・・・・・
> ●ｴﾗｰ!: C:\WINDOWS\Temporary Internet Files\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ\ホームページ\contents.html(25): ﾘﾝｸ先"wcbwr.html "の大文字小文字が違います。
> ●ｴﾗｰ!: C:\WINDOWS\Temporary Internet Files\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ\ホームページ\top.html(279): ﾘﾝｸ先"wcbwr.html "の大文字小文字が違います。
> ◎警告: C:\WINDOWS\Temporary Internet Files\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ\ホームページ\hmlinkue.html(303): ﾘﾝｸ先" "は転送元ﾌｫﾙﾀﾞ外です。
> ◎警告: C:\WINDOWS\Temporary Internet Files\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ\ホームページ\hmlinkue.html(304): ﾘﾝｸ先" "は転送元ﾌｫﾙﾀﾞ外です。
> ◎警告: C:\WINDOWS\Temporary Internet Files\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ\ホームページ\link01.html(25): ﾘﾝｸ先" "は転送元ﾌｫﾙﾀﾞ外です。
> ◎警告: C:\WINDOWS\Temporary Internet Files\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ\ホームページ\link01.html(26): ﾘﾝｸ先" "は転送元ﾌｫﾙﾀﾞ外です。
> ◎警告: C:\WINDOWS\Temporary Internet Files\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ\ホームページ\link01.html(27): ﾘﾝｸ先" "は転送元ﾌｫﾙﾀﾞ外です。
> ◎警告: C:\WINDOWS\Temporary Internet Files\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ\ホームページ\link01.html(28): ﾘﾝｸ先" "は転送元ﾌｫﾙﾀﾞ外です。
> ・・・
> 上記のような警告文が「ﾁｪｯｸ終了。ｴﾗｰ 220件、警告 25件、総ｻｲｽﾞ 7.51MB」
> ・・・・・・・・・・・・・

タグ内にスペースが含まれているため、エラーや警告が多く出てしまうようです。
これについては、次のバージョンで修正します。

> ・バージョンアップすると、以前まで送ることが出来たファイルが送れなくなることがあるのでしょうか・・・？

バージョンアップによる新たな不都合は基本的にありません。

> ・ファイル名で拡張子以外が結構似ようなファイル名が多いのですが、それが原因なのでしょうか？

関係ありません。