> お答えありがとうございました。
> 
> > Ver1.84から1.85で、ホームページ転送関連の変更点はありませんので、ホームページ転送
> > オプションの転送しないフォルダやファイルに指定していないかなど、設定を再確認してみ
> > てください。また、ホームページ転送オプションで、高速転送のリセットボタンを押せば、
> > 次回の更新時にすべてのフォルダで比較をやり直すようになります。
> 
> ［ホームページ転送］のボタンを使うと問題無く更新がかけられるのですが
> ［ローカル］から［ホスト］へフォルダをドラッグ＆ドロップして
> ［フォルダの上書き確認］→［すべて上書き］→［ファイルの上書き確認］
> 　→［新しいとき］を選ぶとファイルが更新されませんでした。
> 以前はこれでもうまく更新がかけられた気がしたのですが…。

ホストとの時差の設定を確認してください。時差を自動で取得することもできます。