> こんにちは。NEXTFTP1.84について質問があります。
> 「拡張機能2」のタイムアウトに、チェックを入れても
> 次に起動すると外れています。
> どうしたら保持されるのでしょうか。
> （前のバージョンではこのようなことはなかったので）
> 前のバージョンより上書きしています。

ホストに接続していないときに設定を行うと、次回の起動時にも設定が再現されるようになります。
ホストの設定で設定できる設定項目は、ホストから切断すると接続前の状態に戻ります。
恒久的に設定を行いたい場合は、ホストに接続していないときに設定を行ってください。
ホストごとに設定を変える場合は、ホストの設定で設定を行ってください。